Informazioni sufficientemente dettagliate a proposito della vita di Tucidide ci provengono da numerosissime fonti antiche, ma in maniera molto maggiore dalle indicazioni che lo storico stesso ci presenta nella sua opera. Tucidide nacque ad Atene forse nel 455 o nel 454 a.C.: la sua famiglia, che era imparentata con quella di Milziade, possedeva ( oppure gestiva ), a Skapte Hyle, non lontano dal confine fra la Macedonia e la Tracia, alcune miniere d’oro. La vita agiata, dunque, permise a Tucidide di ricevere un’educazione di prim'ordine, presso le scuole dei più celebri sofisti della sua epoca. Nel 430 a.C. si ammalò di peste durante la celeberrima epidemia che ebbe tra le sue vittime più illustri il grande statista Pericle; tuttavia lo storico sopravvisse e nel 424 assunse la carica di stratega per le operazioni navali in Tracia. Il comandante degli Spartani, Brasida, aveva stretto d’assedio Anfipoli, e Tucidide non riuscì ad impedire la capitolazione della città nelle mani del nemico, poichè giunse troppo tardi in soccorso del collega Eukles, perché impegnato nella difesa di un’altra località.
Una versione dei fatti narra che Tucidide fece rientro ad Atene e venne quindi processato nel 423 o 422 a.C. ed infine condannato a vent’anni d’esilio - tale versione è narrata in prima persona, apparentemente da Tucidide stesso ( Storie, V, 26, 5 ). Lo storico stesso afferma di aver trascorso questi lunghi anni di esilio nel Peloponneso; secondo altre fonti, invece, in Tracia. Tuttavia siamo in possesso un frammento di Aristotele ( fr. 137 Rose ) in cui si afferma che Tucidide si trovava proprio ad Atene per il processo all’oratore Antifonte, che venne celebrato nel 411 a.C., cioè solamente undici anni dopo la condanna: questo frammento sembra essere attendibile, anche e soprattutto in virtù della presenza nell’opera storica di Tucidide di numerosi riferimenti ad avvenimenti successivi al 411, anno in cui s’interrompe il suo lavoro. Inoltre sappiamo che a seguito del disastroso esito della spedizione in Sicilia, nel 413 a.C., venne concessa un’amnistia generale e pare perciò probabile che lo storico ne abbia usufruito. Lo studioso Luciano Canfora, sulla base anche del fatto che un esilio di vent’anni per una sconfitta bellica sembra una condanna inverosimile, ha avanzato l'ipotesi che la notizia dell’esilio ventennale nel Peloponneso che compare in Storie, V, 26, 5 non sia da attribuire a Tucidide, ma piuttosto a Senofonte, che, dopo la morte dello storico, pubblicò, organizzandoli sommariamente, i suoi appunti sul V libro, aggiungendovi però anche notizie su se stesso: il ventennio di esilio nel Peloponneso non si riferirebbe dunque a Tucidide, ma a Senofonte, che effettivamente visse per circa vent’anni a Scillunte, in un possedimento terriero che gli era stato concesso in dono dal re di Sparta Agesilao, dopo la sua espulsione da Atene.
Se accettiamo, dunque, l’informazione contenuta nelle Storie come riferita a Tucidide, lo storico avrebbe passato - abbastanza inverosimilmente! - gli anni della maturità ed il periodo più fecondo della sua intensa attività storiografica lontano dalla sua natale Atene; se, invece, si accetta l’ipotesi di Canfora, egli sarebbe stato presente in città proprio durante il periodo politicamente più travagliato, cioè gli anni a partire dal 413 in poi. Per quanto riguarda, infine, la sua morte, essa rimane avvolta in un certo alone di mistero: non conosciamo per certo, infatti, né il luogo né la data di morte dello storico. Probabilmente visse abbastanza per assistere alla dolorosa capitolazione di Atene, nel 404 a.C., però nelle sue Storie non c’è il minimo riferimento ai 30 Tiranni, che si insediarono a partire dal 404. Se, da ultimo, consideriamo che esistono notizie antiche a proposito di un suo presunto assassinio, potremmo anche pensare che, se si trovava effettivamente ancora ad Atene, lo storico sia caduto durante le sanguinose lotte civili che turbarono la città negli anni dal 403 al 399 a.C..